از مهمترین مراحل انجام فرآیند ترخیص کالا ، ثبت سفارش کالا است. این مرحله بدلیل به اثبات رساندن قانونی بودن فرایند واردات کالا ، اهمیت فراوانی دارد.
ثبت سفارش گمرکی فرآیندی است که با ارائه اطلاعات تاجر و کالا، سندی مبنی بر قانونی بودن واردات کالا دریافت می گردد تا امکان انجام مراحل بعدی فرآیند ترخیص کالا از گمرک فراهم گردد و برای هر تاجر و بازرگان ضروری است پیش از شروع فعالیت تجارت، با ثبت سفارش کالا، بقیه مراحل ترخیص کالا را انجام دهد.
ثبت سفارش نوعی مجوز ورود برای کالاهای خارجی خریداری شده است که در سیستم وزارت بازرگانی ثبت می شود. روند واردات با ثبت اطلاعات در سیستم ثبت سفارش آنلاین توسط وارد کننده یا حق العمل کار گمرک آغاز می¬گردد. بر این اساس دریافت پیش فاکتور از فروشنده و ثبت سفارش از مراحل اولیه واردات کالاست. مجوز ثبت سفارش فایلی است که توسط سازمان توسعه تجارت ایران صادر می‌شود و روی آن شماره هشت رقمی مجوز ‌ و تاریخ مجوز ثبت سفارش همراه شماره و تاریخ پروفرما و نام شرکت متقاضی که می‌تواند شرکت وارد‌کننده باشد، درج می‌شود.